Pada masa pemerintahan Hindia Belanda, terdapat banyak jawatan pengukuran, yang kemudian dijadikan satu badan, disebut dengan Permante Kaarterings-Commissie (Komisi Tetap untuk Pemetaan), pada tahun 1938.
Kenyataannya, badan tersebut tidak dapat memenuhi harapan semula. Melalui Gouvernements Besluit van 17 January 1948 (Keputusan Pemerintah No. 3 tanggal 17 Januari 1948), komisi itu dibubarkan dan dibentuk Raad en Directorium voor het Meet en Kaarteerwezen in Nederlands Indies (Dewan dan Direktorium untuk Pengukuran dan Pemetaan Hindia Belanda).
Setelah pengakuan kedaulatan Republik Indonesia tahun 1949, pemerintah membubarkan Raad en Directorium voor het Meet en Kaarteerwezwn (Peraturan Pemerintah nomor 71 tahun 1951), selanjutnya membentuk Dewan dan Direktorium Pengukuran dan Penggambaran Peta. Badan ini memiliki pola organisasi yang sama seperti bentukan Hindia Belanda. Dewan bertugas membuat kebijakan dan pengambilan keputusan, sedangkan pelaksananya adalah Direktorium.
Di lain pihak, dibentuk pula Panitia ‘Pembuatan Atlas Sumber-sumber Kemakmuran Indonesia’, dengan tugas menunjang rencana pembangunan nasional. Panitia ini berada di bawah Biro Ekonomi dan Keuangan - Menteri Pertama. Pada tahun 1964, status Panitia Atlas ditingkatkan menjadi Badan Atlas Nasional (Batnas), berdasarkan Keputusan Kabinet Kerja No. Aa/D57/1964, yang ditandatangani oleh Wakil Perdana Menteri II, Ir. Chaerul Saleh.
Kinerja Dewan dan Direktorium dinilai Presiden Soekarno, lamban dan koordinasinya tidak berfungsi, hingga akhirnya dibubarkan dan dibentuk organisasi berbentuk komando, yaitu Komando Survei dan Pemetaan Nasional (Kosurtanal) serta Dewan Survei dan Pemetaan Nasional (Desurtanal), melalui Keppres No. 263 tahun 1965 tanggal 2 September 1965.
Hingga peristiwa G-30-S/PKI 1965, Desurtanal dan Kosurtanal belum bekerja sebagaimana mestinya. Maka secara khusus untuk survei dan pemetaan nasional dibentuk organisasi baru yang disebut BAKOSURTANAL (Badan Koordinasi Survei dan Pemetaan Nasional).
BAKOSURTANAL dibentuk berdasar Keppres No. 63 tahun 1969 tanggal 17 Oktober 1969 (diperingati sebagai ulang tahun BAKOSURTANAL).
Pertimbangan pembentukan BAKOSURTANAL, yaitu:
- Perlu adanya koordinasi dalam kegiatan dan pelaksanaan tugas surta (survei dan pemetaan) sehingga dapat tercapai adanya effisiensi serta penghematan pengeluaran keuangan negara;
- Terkait dengan itu, dalam rangka penertiban aparatur pemerintahan, dipandang perlu untuk meninjau kembali kedudukan tugas dan fungsi badan-badan yang melakukan kegiatan surta untuk dipersatukan dalam suatu badan koordinasi surta nasional.
Dengan dibentuknya BAKOSURTANAL maka badan-badan yang masih ada seperti Desurtanal serta Badan Atlas Nasional dibubarkan dan fungsi-fungsi kedua badan tersebut ditampung BAKOSURTANAL.
Hingga kini BAKOSURTANAL telah dipimpin oleh 5 kepala (dulu ketua), yaitu : Ir. Pranoto Asmoro (1969-1984), Prof. Dr. Ir. Jacub Rais, M.Sc. (1984-1993), Dr. Ir. Paul Suharto (1993-1999), Prof. Dr. Ir. Joenil Kahar (1999-2002), Ir. Rudolf Wennemar Matindas, M.Sc. (2002-2010), dan Dr. Asep Karsidi, M.Sc. (2010-sekarang).
Di antara masa itu, badan koordinasi ini pernah berkantor di beberapa tempat berbeda. Pada awalnya di Jalan Wahidin Sudirohusodo I/11, dan Jalan Merdeka Selatan No. 11, pernah pula di Gondangdia, dan terakhir (hingga sekarang) di Kompleks Cibinong Science Center.